Le test RT-PCR nasopharyngé possède aujourd'hui les meilleures performances cliniques. Toutefois, le prélèvement étant invasif, il n'est pas adapté à toutes les situations, particulièrement lorsque le test doit être répété.

Ainsi, dans un communiqué du 11 février 2021, la HAS émet un avis favorable à la prise en charge des tests RT-PCR sur prélèvement salivaire dans deux nouvelles indications :

• en seconde intention chez les personnes contact pour qui un prélèvement nasopharyngé n'est pas envisageable ;
• en première intention dans le cadre de dépistages ciblés à grande échelle, en particulier s'ils sont répétés régulièrement : au sein d'écoles, d'universités, pour le personnel des établissements de santé, des EHPAD...

Cependant, en raison notamment d'une sensibilité de ces tests légèrement inférieure (3 % à 11 %) à celle des tests RT-PCR sur prélèvement nasopharyngé (néanmoins supérieure aux seuils fixés), la HAS précise dans son avis les conditions techniques de réalisation de ces tests et les critères de performance à satisfaire.

• Le prélèvement salivaire peut être réalisé de manière assistée ou en auto-prélèvement au laboratoire de biologie médicale, au domicile ou sur un site de dépistage. S'il est difficile pour le patient de cracher (par exemple pour les très jeunes enfants), la salive peut être prélevée sous la langue à l'aide d'une pipette.
• Le prélèvement doit être réalisé 30 minutes après la dernière prise de boisson, d'aliment, de cigarette (ou e-cigarette), d'un brossage des dents ou d'un rinçage bucco-dentaire. Et l'échantillon recueilli doit être conservé dans un flacon sec et stérile à température ambiante.
• En cas d'auto-prélèvement, le patient doit avoir reçu une information claire sur les conditions de sa réalisation et un matériel adapté.
• L'échantillon de salive recueilli doit être analysé dans les 24 heures.
• En raison de la grande hétérogénéité entre les kits utilisés pour les différents tests RT-PCR salivaires, la HAS recommande que ne soient utilisés que ceux qui comportent au moins deux cibles moléculaires et ayant une sensibilité minimale de 80 % sur le prélèvement salivaire.